千年的古劍，傳說是黃帝為了封印蚩尤，聽取崑崙山眾仙的意見，採取精鐵上萬斤，黃銅五千斤，以及各種珠寶化煉而成；內蘊藏著用不完的力量，經過日月的交替已經換化成斬妖除魔的神劍。
《軒轅劍伍》中，DOMO小組描述軒轅劍原本乃是天界之劍，由崑崙山下凡之天女魃借給黃帝，以助其對抗蚩尤，按不幸中途卻斷裂，最後由黃帝重新採取人間精鐵，天女動用體內的天界陽氣產生強大高熱，將其再次修鑄而成，最後並以黃帝姬軒轅之名來命名。
三代以前的軒轅劍造型與現在的不同。
當劍氣的蘊藏量過低、或被施予封印，劍身會褪為青銅色，變成一把普通的青銅古劍。
神器轉世可分出劍氣，取代他人受損的身體組織^。當神器轉世死亡，所屬劍氣會消失並歸返軒轅劍。無論是分出或被奪劍氣，均會導致七日之內會劍氣大亂，力量驟減。
到三代時，出現劍鞘，幻化成軒轅劍僮^。
歷代能夠裝備軒轅劍的人物：何然（二代）、賽特（三代）、水鏡（四代）、嬴詩（蒼之濤）
流程經歷[]
二代故事的十七年前，神州正值善、惡兩神合力對抗人類的時代。軒轅劍俠獨自持軒轅劍，搭配自家的軒轅劍法，決戰善惡兩神，雙方同歸於盡。故事尾聲，壺中仙企圖以煉妖壺配合造物仙鼎，吸收整個世界，再煉化出一個人魔共融的新世界。軒轅劍俠的靈魂現身，把軒轅劍交給何然。壺中仙不敵戰敗，被女媧關進煉妖壺中的太古封神室受罰，頭上插著軒轅劍。
蒼之濤故事中，有兩把來自不同未來、分別屬於慕容詩和金曜使者的軒轅劍^。起初兩把軒轅劍都處於封印狀態。後來七曜使者分裂，日曜使者項楚為慕容詩的軒轅劍解除封印，不久後金曜使者的軒轅劍，亦被月曜使者檀越之解封。雙方大戰於昊天界二重天，最終月曜使者戰敗。封印太一之輪後，屬於金曜使者的軒轅劍，因本身歷史時空不故存在而消失。慕容詩帶著她的軒轅劍，回到原來的時空。至於屬於春秋時代本身的軒轅劍，木曜使者苻殷提及過，劍正插在某個地方，承諾過雲中界主人不能洩密。
楓之舞故事中，軒轅劍插在位於太古封神室、正在受罰的壺中仙頭上。正當輔子徹詢問壺中仙怎樣還原世界時，蜀桑子突然現身，拔走軒轅劍離開。最後蜀桑子於機關龍敗死，輔子徹取得軒轅劍。
四代故事的一百八十年前，輔子徹不認同壺中仙打算融合雲中界和神州的計劃，拿著軒轅劍於泗水對決壺中仙。壺中仙冒險啟用五鼎黑火獲勝，軒轅劍隨同輔子徹被冰封於壺中世界。故事尾聲，水鏡進入煉妖壺取得軒轅劍，並前往泗水大殿，成功阻止黑火吞滅世界。事後，劍被放置在雲彩之塔的神器殿。
軒伍三部曲故事中，軒轅劍轉世為皇甫朝雲、暮雲雙生兄弟。期間又有一部分劍氣獨立形成個體。於五代尾聲，劍還原成實體並褪為青銅色，由夏柔把劍帶回軒轅界。
天之痕故事中，由宇文拓持有。魔界入侵神州後，用來啟動巴別之路到達天上界。封印天之痕後，宇文拓跟陳靖仇互相交換神器，持有者變為陳靖仇。
三代故事中，軒轅劍幻化成仙，居於西域天山石窟。在協助賽特粉碎撒旦企圖破壞萬物因果的陰謀後，軒轅劍伴隨著賽特一段時日，以維護賽特的新造肉體。賽特逝世後，軒轅劍不知所終。
妖逆頻興，山河摧破，孤煙百十里；浮江沉月，飲風鳴劍，一片雲心出塵林